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Lutter contre la crise du Covid-19

Sentinel: A Pandemic Preemption System

  • African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases
  • Afrique
  • 2021
  • Projet accompagné

Présentation du projet

Sentinel est un programme d’alerte précoce aux épidémies qui permet de détecter les menaces virales en temps réel et de préparer la communauté internationale à arrêter les maladies avant que celles-ci ne se propagent. Pour ce faire, il propose une stratégie à trois volets :
  1. DETECT (outils de diagnostic et de surveillance) ;
  2. CONNECT (science des données et analyses décisionnelles) ;
  3. EMPOWER (formation et infrastructures).
Bien que conçu et lancé bien avant la pandémie du Covid-19, Sentinel a pu déployer ses outils de prévention pour répondre à des besoins urgents en capacités de diagnostic fiable et de séquençage au Nigéria, en Sierra Leone et au Sénégal. Ces activités sont menées en étroite collaboration avec les CDC Afrique afin d’appuyer les réponses apportées en Afrique occidentale et centrale, et de travailler avec six laboratoires cliniques satellites en Afrique occidentale. Bien que Sentinel soit piloté d’Afrique occidentale, c’est un programme qui peut être adapté et déployé dans d’autres régions.

« Sentinel offre à l'humanité l'opportunité de jouer comme "attaquant" contres les menaces virales »

- Christian Happi, Directeur, ACEGID



Présentation de l'organisation

Sentinel est le fruit d’une collaboration à l’échelle mondiale entre cliniciens, épidémiologistes, généticiens, virologues, bio-ingénieurs, informaticiens et responsables des politiques de santé publique. Il est dirigé par le Centre africain d’excellence pour la génomique des maladies infectieuses (ACEGID) et le Broad Institute. Pendant près de dix ans, les équipes ont travaillé ensemble pour développer des technologies transformatrices de diagnostic et de séquençage, investir dans la capacité locale de réponse dans les régions qui manquent de ressources, répondre aux urgences de santé publique et former les chercheurs et les scientifiques africains. La vision pour Sentinel a été définie à travers leur expérience et leur expertise dans leurs domaines lorsqu’ils ont reçu des financements à temps juste avant la pandémie du Covid-19.

Son fonctionnement

Sentinel repose sur trois piliers fondateurs. Chacun de ces piliers vise à renforcer la résilience du système de santé en relevant les défis complexes posés par la surveillance des maladies grâce à des outils et des technologies de pointe.

DETECT

Tirer parti des outils de diagnostic et de surveillance basés sur la génomique pour identifier rapidement les virus hautement prioritaires.
  • Diagnostics cliniques : Développer et utiliser des outils de diagnostic hautement sensibles utilisant les CRISPR dans le milieu hospitalier et là où cela est nécessaire ;
  • Surveillance des maladies : Améliorer les moyens et la capacité de séquençage ;
  • Amélioration des processus : Mettre en œuvre des mesures de contrôle des contaminations et de qualité des échantillons en raccourcissant le temps de conception des analyses d'agents pathogènes.


CONNECT

  • Collecte des données : Collecter des données auprès des cliniques, des laboratoires et des citoyens pour une vue d’ensemble ;
  • Connectivité des données : Améliorer la compatibilité et l’intégration harmonieuse des données entre les plateformes ;
  • Des informations exploitables : Développer des modèles informatiques et des outils de visualisation pour les données génomiques afin d’éclairer les réponses apportées en matière de santé publique à tous les niveaux.


EMPOWER

Renforcer les capacités scientifiques grâce à des formations pratiques et à une amélioration des infrastructures :
  • Formation : Conduire des formations pratiques de premier ordre en génomique pour les chercheurs universitaires et les professionnels de la santé publique ;
  • Infrastructure : Rénover les infrastructures et les équipements des laboratoires ;
  • Engagement : Établir des partenariats au sein du système de santé publique à tous les niveaux (ex. entre le CDC Afrique, le CDC Nigéria, l’OMS Afrique et l’ASLM).


Réalisations

Au cours de la première année de Sentinel, sa stratégie a été redéfinie afin de faire face à la pandémie de Covid-19 en Afrique de l’Ouest et de soutenir les efforts dans les autres pays du continent. En décembre 2021, Sentinel a :
  • Effectué le premier séquençage du SARS-CoV-2 en Afrique ;
  • Formé des chercheurs originaires de 15 pays africains au séquençage de nouvelle génération ;
  • Assemblé plus de 3000 génomes complets de SARS-CoV-2, dont des variants préoccupants ;
  • Effectué plus de 150 000 tests PCR pour le Covid-19 au Nigéria


Perspectives 2022

Dans sa deuxième année d’existence, Sentinel perpétuera ses efforts de réponse au Covid-19 tout en appliquant les leçons apprises de cette expérience à ses capacités d’alerte et de prévention. Pour DETECT, cela passe par une concentration des efforts sur les diagnostics utilisant les CRISPR pour qu’ils soient approuvés et par le développement d’un plan de déploiement et de fabrication. Pour CONNECT, les priorités portent notamment sur le pilotage des outils de visualisation pour répondre aux besoins de nos sites et sur une diffusion plus large des outils déjà déployés. A travers EMPOWER, Sentinel lancera une collecte active d’échantillons pour une surveillance élargie des pathogènes dans nos sites Sentinel dans tout le Nigéria. Nous continuerons également à proposer des formations en bio-informatique à chacun de nos sites partenaires, mais aussi à renforcer les capacités de séquençage au Nigéria et dans toute l’Afrique.

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